（1937年7月~1946年5月）

　　1937年7月7日，抗日战争爆发。7月下旬，形势日益紧张，学校决定从吴淞迁入上海公共租界地丰路（今乌鲁木齐）121号的临时校舍。“八一三”事变爆发，同济吴淞校舍毁于日冠炮火。

　　学校迁入市区后，临时校舍房屋狭小，全校1101名学生和部分教职工都挤在这里。学校举行了一次招生考试，原计划搭建一部分临时房屋于10月14日正式上课。但由于上海战事日益激烈，无法恢复上课。9月，学校决定迁往浙江金华。

　　10月20日，学校在金华复课。在金华报到的有教师33人，学生596人。医学院有100多名学生、17名教师留在上海。在金华，学校在坚持上课的同时，组织了以学生救国会会员为骨干的学生战时服务团，建立歌咏队、剧团和宣传队，共计二、三百人，深入城乡开展抗日救亡宣传。并积极参加中共浙南特委领导的抗日救亡和民主革

命工作。同济学生大部分担任乡村建设指导员，少部分担任县政工作。11月，日军逼进杭州，金华不断遭受日机空袭。

　　学校决定第三次迁校，从金华迁往江西赣州。1938年1月底，正式复课。不久，医学院后期也从上海迁到江西吉安，1938年春开始复课。医学院以第五重伤医院和自办诊疗所实习基地。这是中国人自办实习医院的先例。诊疗所于1938年4月8日开诊，日门诊人数最多时达400余人。在赣州，学生一面读书，一面继续以“战时服务团”为核心，以民办夜校、话剧团等形式坚持开展抗日救亡工作。在赣州和吉安共有学生1000多人，教师73人，其中德国教授13人。1938年下半年，因战事关系，德国政府停止了原给予教授的特种补助及旅费补助金，于是大部分德国教授相继回沪，中国教师挑起了教学的担子。

　　1938年7月，局势突变，九江危急。同济又从赣州迁到了广西贺县的八步镇。10月下旬，学校正准备维修校舍复课，日寇进攻华南，未及一周，广州沦陷。1938年冬，学校第一批校产运到八步江边还未及卸下，又决定迁往昆明。

　　1939年春节前，全校师生分批到达昆明。迁校昆明不久，翁之龙校长辞职，医学博士（同济毕业）赵士卿接任。

　　学校在昆明校舍分散于十多处，机器设备残缺不全，经费大为削减，欠款欠租达十分严重，办学困难重重。在昆明，1939年分为三个学期，以弥补在迁校中所缺授课程。1940年7月20日赵士卿辞职，教育部委派重庆大学教授周均时接任。在昆明两个春秋，学校克服困难坚持办学。医、工、理三学院共有教师77人，其中正副教授37人，学生798人。医学院在八省会馆设有解剖馆，由昆明地方法院提供无人认领尸体，供解剖学习之用。医学院还开展学术活动，定期举行学术讲座。这一时期，工学院已设机械、土木、测量、电机4系和造船组，发展为全校师生人数最多的学院。有教师34人，其中教授8人，副教授7人。1940年在校学生428人。理学院除化学、生物两系外，又增设了数理系。

　　1940年秋，昆明物价飞涨，日机不断侵扰。于是学校成立以周钧时校长为主席的迁建委员会。8月，学校给四川宜宾县李庄富商钱子宁发函，请求迁李庄。钱子宁与罗南陔等富商商议后，由罗给同济发出：“同大迁川，李庄欢迎，一切所需，地方供给”的电报。于是同济大学决定迁往四川李庄和宜宾。10月，大学部先停课，开始了第六次迁校，1940年底至1941年初迁校完毕。医学院后期与附属医院驻宜宾，校部及其他院系驻李庄。

    1940年底至1941年初学校迁至四川宜宾李庄镇。

    李庄镇位于宜宾以东25公里的长江南岸，水陆交通便捷，教育事业也较为发达。在李庄，同济多以禹王宫、东岳庙、南华宫、祖师殿、慧光寺和罗家祠等庙宇为校舍。学生十几个人挤住一间竹作架、草作顶的宿舍。同济师生就在这里度过了5年的没有敌机骚扰，比较安定的教学生活。

    在李庄、宜宾之初，全校师生员工在周均时校长的带领下，勤俭办学，艰苦奋斗。周均时生活俭朴，作风正直，精心讲课，亲切待人，深受师生爱戴。教学秩序得到了很快地恢复，教学、科研也有所发展。

    1941年2月，学校为培养助产护士人才，试办助产护士班。1942年经教育部核准立案成立“高级护士职业学校”。

    1942年2月周均时辞职，丁文渊接任。丁文渊忠实执行国民政府的政策，压制师生言论、结社和出版自由，打击进步师生，漠视师生疾苦，独断专行，挥霍公款。1943年下半年，郑太朴等28位教授联名上书教育部，强烈要求撤销丁文渊的校长职务。经过教授们的奔走上告和各方呼吁，加上国民党内部派系斗争，1944年7月，丁文渊被迫辞职离校。同月，徐诵明继任校长。

    1944年冬，蒋介石号召后方知识青年，投笔从戎，抗击日寇。同济学生纷纷响应。在一次纪念周会上，600多学生（占全校学生的三分人之一）踊跃报名，表现出极大的爱国热情。后经体检，364人参了军。此举，轰动重庆市及大后方，并为《大公报》、《扫荡报》等报道。经过一年多的军营生活，大多数同学认清了国民党军队反动、专制和腐朽的本质。经过反复的斗争，同济绝大部分同学终于1946年5月回到了母校。

    在徐诵明任校长期间，学校院系设置有所扩增，教学设备有所充实。1945年，学校建立了法学院；工学院造船组改为造船系，并增设了机械专修科；理学院数理系分为数学、物理两系。1945年夏，学校向教育部申请10万元经费，在宜宾建立了国内第一所正规化的医事检验学校－高级医事检验职业科。这一时期，同济已开始向综合性大学发展。

    医前期在李庄建立了生理馆、解剖馆，医后期在宜宾建立了病理馆、药物馆、细菌学馆、公共卫生研究馆和生物学馆。工学院迁到李庄时，只剩20多部机器，几年中逐步设立了测量馆、实习工厂、电工试验馆、材料试验馆、机械试验馆等学生实习场所。

    这一时期，学校师生人数有所扩增。1945年，全校总人数达2423人。其中教师224（教授61人，副教授19人），学生1995人。徐诵明注意民主办校和广延人才，改变学校历来只聘留德人员任教的旧规，开始聘请留英、留美人员任教，并派妇产科胡志远教授赴美学习。教师队伍中，一些人走了，大部分人留了下来。

    从昆明来到李庄和宜宾，宁誉、梁之彦、张静吾、张象贤、张景贤、吴之翰、叶雪安、谢苍璃、郑太朴等一批教授，一直跟随学校，不辞辛劳，精心教学；史图博、魏特两位外籍教授自愿与同济师生同甘苦、共患难。学校还聘来了当时国内造船界权威叶在馥、生物学童第周、测量学王之卓、陈永龄、方俊等专职或兼职教授。在李庄，生活十分艰苦。李庄没有电灯，学生靠三根灯蕊（油灯）看书学习，校舍紧张，他们时常在居民的茶馆里、在尸体解剖室里温习功课。而正是这些李庄时期的学生，建国后出现了一大批出类拔萃的人物。其中，中国科学院院士就有十多位。教师们一边教学一边搞学术研究。当时川南一带流行痹病。1942年，医学院杜公振、邓瑞麟经调查研究找到了病因，救治成千上万的病人，在当地传为佳话。这一研究成果获教育部1943年全国应用科学类学术发明一等奖。

    1945年8月，抗战胜利，举国欢腾。在战火中颠沛流离、饱经忧患的同济大学师生员工渴望复员上海。